基因测序用CMOS传感直读DNA纳米球的全干式路线,壁垒并非集中在单一器件,而是分布在“DNA纳米球制备与加载—规则阵列芯片—CMOS传感与信号读取—算法与信噪比控制”这条链路的系统集成能力上。 以华大智造便携桌面式基因测序系统为例,其使用CMOS传感器直接加载DNA纳米球,无需光学系统即可直接读取芯片中全部DNA序列信息,大幅缩短测序时间;系统无传统液路,光学系统采取全干式结构设计,可大幅减少仪器的日常管路清洗与维护,对操作环境的温湿度和洁净度要求较低。真正的门槛,是把这些能力同时做进一台桌面设备。

壁垒一:DNA纳米球制备与规则阵列加载

测序信号的放大对高通量测序至关重要。DNBSEQ测序技术中,与DNA纳米球(DNA Nanoball,DNB)制备相关的技术及测序反应中部分技术均属其范畴,核心包括DNA单链环化和DNA纳米球的制备与加载。其原理是:以经文库制备加工后的双链DNA(带接头序列)为起始物,环化形成环状DNA产物,再在DNA聚合酶作用下滚环扩增,每次扩增都基于最原始的DNA单链模板,可最大程度降低扩增时发生拷贝错误的概率。

加载环节同样关键。规则阵列芯片技术采用半导体加工工艺,在硅晶芯片表面形成结合位点阵列,通过芯片表面化学修饰技术实现DNA纳米球的吸附和高密度规则排列;每个结合位点只固定一个DNA纳米球,并与测序仪光学镜头精确匹配,提供离散、准确的单像素信息,降低背景噪音,提高测序芯片单位面积利用效率与信号采集效率。相较于传统随机阵列芯片,规则阵列芯片对样本文库质量有更宽的容忍范围,测序反应中可靠性更高,也提升了样本获取、制备与文库制备的可操作性。

壁垒二:CMOS传感集成与干式信号读取

全干式路线用CMOS传感器直接读取芯片内的DNA纳米球,省去了传统光学成像链路。这一取舍对传感与芯片集成提出更高要求:传感器要与芯片表面的纳米球阵列在空间上精确对应,才能在无光学系统放大的条件下分辨单像素信号。同时,无传统液路、光学系统全干式结构设计,意味着试剂输送、温控与信号采集必须重新设计,其收益是大幅减少日常管路清洗与维护,并降低对操作环境温湿度、洁净度的要求——这正是便携桌面形态得以成立的前提。

壁垒三:算法与信噪比控制

硬件之外,碱基识别算法与信噪比控制是决定数据质量的软壁垒。DNBSEQ测序技术体系包含与核心技术配合的流体和光学检测技术及碱基识别算法;官方表述其精准度约为99.4%、灵敏度约为98.8%,重复序列占比小于3%,标签跳跃发生率低至0.0001%-0.0004%。这些指标依赖制备、加载、读取、算法各环节协同,任何一环的偏差都会在最终数据中放大。

常见问题

全干式路线相比传统光学液路路线的主要差异是什么?

传统主流高通量测序仪是集光学、机械、电子、流体、软件、算法于一体的复杂系统,对流路与光学系统依赖度高。华大智造便携桌面式基因测序系统则以CMOS传感器直接加载DNA纳米球,无需光学系统直接读取芯片中全部DNA序列信息,并采用无传统液路、全干式光学结构设计。两者在仪器形态、维护方式与环境要求上差异明显,具体性能表现需以公开实测数据为准。

这条路线最难复制的环节是哪一个?

难点不在单点,而在系统集成:DNA纳米球的制备与加载、规则阵列芯片的表面化学修饰、CMOS传感与芯片的匹配、以及碱基识别算法与信噪比控制,需要同步达标。华大智造已形成以“DNBSEQ测序技术”“规则阵列芯片技术”“测序仪光机电系统技术”为代表的多项核心技术,并达到国际先进水准,这些技术通过专利形成知识产权保护。

全干式设计对实际使用有什么价值?

无传统液路与全干式光学结构,可大幅减少仪器的日常管路清洗与维护,并降低对操作环境温湿度和洁净度的要求,这使桌面式、便携化的测序设备更具可行性。至于通量、成本等具体表现,建议以官方后续公布及第三方实测为准。