NGS（下一代测序技术）的平均成本低于第三代测序，因此成为基因测序大规模商业化应用的主流技术；其盈利模式主要依赖高通量和规模效应，而第三代测序则依靠长读长、高附加值应用来实现盈利。
NGS 的成本结构与盈利模式
NGS 技术的核心优势在于高通量、高准确性、高灵敏度以及成本低。其测序流程包括建库、扩增、测序和生物信息处理，其中测序芯片、图像处理系统和算法构成了技术壁垒。由于通量高、自动化程度高，NGS 能够通过大规模并行测序摊薄单样本成本，盈利模式主要依赖规模化推广，测序量越大，单位成本越低。目前，NGS 是基因测序技术大规模商业化应用普及的主要推动力，并在未来一段时间内仍是主流技术。
第三代测序的成本结构与盈利模式
第三代测序技术（以 PacBio 的 SMRT 技术和 Oxford Nanopore 的纳米孔单分子技术为代表）最大的特点是单分子测序，无需 PCR 扩增，理论上可测定无限长度的核酸序列。但单条序列的错误率较高，平均成本也较 NGS 高。因此，它不适合大规模、低成本的常规测序。其盈利模式依赖特定长读长应用场景，例如基因组组装、结构变异检测等，这些应用对读长要求高，愿意为高附加值数据支付更高价格。
常见问题
NGS 和第三代测序的成本差异有多大？
NGS 的平均成本显著低于第三代测序。NGS 凭借高通量和成熟技术实现了低成本，而第三代测序因单次测序成本高且错误率较高，目前难以在成本上与 NGS 竞争。
第三代测序的盈利模式是什么？
第三代测序的盈利主要依靠长读长、高附加值应用，例如完整基因组组装、复杂结构变异检测等。这些场景对读长要求高，用户愿意为独特数据支付溢价，从而弥补其较高的单次测序成本。
NGS 的盈利模式为什么更依赖规模？
NGS 的测序流程高度自动化，通量覆盖广（例如华大智造的测序仪机型通量范围为 0.25-72000Gb），能够通过大规模并行测序摊薄固定成本和耗材成本。因此，其盈利模式的核心是“以量取胜”——测序样本越多，单位成本越低，利润空间越大。