三代测序（单分子测序）的起步其实早于二代测序的商业化。2000年PacBio前身在美国加州成立，2003年Science封面发表零模波导ZMW模型，2005年ONT从牛津大学衍生，其纳米孔原型可追溯至1996年PNAS论文；而PacBio首款商业化机型到2010年才上市，ONT的MinION到2012年才在AGBT会议展示、2015年正式商业化。 行业普遍共识是，单分子测序技术就是第三代测序技术；所谓"第四代"多为人造的商业代际划分。

起步并不晚，商业化却迟到

三代测序的两条技术路线——PacBio的荧光标记与Nanopore的电流阻断——在概念验证上都不落后。但直到2010年PacBio RS推向市场、2015年ONT正式商业化时，市场已是以illumina为代表的二代测序天下。illumina密集推出多款机型，凭借测序系统的出色性能迅速攻占科研和临床市场，最终占据最大市场份额。

十年压制：市占率不足一成

二代测序被称为"短读长"，把DNA扩增后切成不超过200BP的片段读取再用算法还原；三代测序被称为"长读长"，不用扩增、从头读到尾。长读长能解决重复序列测不准的问题，但代价是准确率目前仍只能做到95%。过去十年，三代测序市占率不到10%，应用多局限于基础科学研究，临床商业转化寥寥。

关键拐点：完整基因组与年度技术

2022年4月，Science连发6篇文章，报道端粒到端粒联盟（T2T）完成首个真正完整的人类基因组序列，补齐了最后的8%，三代测序在其中起到不可替代的作用。2023年初，Nature Methods将长读长测序评选为"2022年度最佳技术"。产业端同步升温：illumina宣布推出长读长产品Infinity，华大智造、Element Biosciences、Ultima Genomics等纷纷布局，齐碳生物完成7亿元融资；贝瑞基因截至2022年底累计三代测序检测样本量突破10万人份，服务终端客户超过1500家。

常见问题

三代测序和二代测序是简单的代际替代关系吗？

不是。三代测序起步甚至更早，2000年PacBio前身已成立，但商业化节点晚于二代。两者是长读长与短读长的路线差异，而非线性替代。

三代测序目前最大的短板是什么？

准确率。目前仍只能做到95%，容易在读取时"唱错"碱基，这也是其长期市占率不到10%的原因之一。

三代测序的临床转化有哪些进展？

贝瑞基因截至2022年底累计三代测序检测样本量突破10万人份，相关检测效能受到CLINICAL CHEMISTRY关注，该刊专门发表编辑部文章，认为三代测序技术为复杂单基因病的分子诊断带来全新机遇。