从第一代桑格法到高通量测序,基因测序行业的关键拐点集中在读长与准确率的成熟、人类基因组计划带来的工程化验证,以及通量与成本沿“超摩尔定律”快速下降。第一代测序读长可达1000bp、准确率高达99.999%,但通量低、成本高,只能分析单个DNA片段;高通量测序可一次对几百万到几十亿条核酸分子进行序列测定,又称大规模并行测序或下一代测序,使基因组层面的分析成为可能。以改进桑格法为基础完成的首个人类基因组计划总费用30亿美元,此后测序成本进入断崖式下降通道。
第一代桑格法:读长与准确率的起点
第一代DNA测序技术包括1975年桑格和考尔森开创的链终止法,以及1976—1977年马克西姆和吉尔伯特发明的化学法。1977年,桑格测定了第一个基因组序列——噬菌体phiX-174,全长5375个碱基,人类自此真正步入基因组学时代。
第一代测序的主要特点是测序读长可达1000bp,准确性高达99.999%,可用于未知或已知突变的检测,基本适用于所有突变类型,在单基因病的基因诊断和产前诊断中仍广泛使用。但其短板同样突出:离不开PCR扩增,只能分析单个DNA片段,通量小,无法进行基因组层面分析;自动化程度低、检测速度慢;成本高,不适用于大规模测序。
人类基因组计划:工程化验证与成本起点
2001年,以改进的桑格法为基础完成的首个人类基因组计划总费用为30亿美元,我国科学家承担了1%的工作量。该计划与曼哈顿原子弹计划、阿波罗计划并称为三大科学计划。2003年4月14日,中、美、日、德、法、英6国科学家宣布人类基因组序列图绘制完成,人类基因序列中的98%获得测定,精确度为99.99%。
完成该计划的主要测序方法是全基因组鸟枪法测序,即先把DNA打成碎片、并行读取每个碎片序列,再像拼图一样还原。这一思路为后续高通量测序奠定了方法论基础。
高通量测序与超摩尔定律:通量与成本的断崖
高通量测序是对传统桑格测序技术的革命性改变,可一次对几百万到几十亿条核酸分子进行序列测定。其诞生后,基因测序通量及成本以**“超摩尔定律”(More than Moore,MtM)**的速度发展。
根据美国国家卫生院数据,人类全基因组测序成本出现真正意义上的断崖式下跌:2001年高达9526.3万美元,2009年降低至10万美元左右,2015年已降低至1000美元左右,2022年降低到100美元。2023年2月7日,华大智造发布超高通量测序仪DNBSEQ-T20×2,该产品每年可完成高达5万例人全基因组测序,创造了全球基因测序仪通量的新纪录;单例成本低于100美元,实现了最佳的规模成本,为行业构筑了一款“超级测序工厂”。
| 阶段 | 代表技术 | 关键特征 |
|---|---|---|
| 第一代 | 桑格链终止法、化学法 | 读长可达1000bp,准确性高达99.999%,通量低、成本高 |
| 人类基因组计划 | 全基因组鸟枪法 | 总费用30亿美元,验证了大规模并行拼接思路 |
| 高通量测序 | 大规模并行测序/下一代测序 | 一次测定几百万到几十亿条核酸分子,成本沿超摩尔定律下降 |
常见问题
桑格法和高通量测序最核心的区别是什么?
桑格法读长可达1000bp、准确性高达99.999%,但只能分析单个DNA片段,通量小、成本高。高通量测序可一次对几百万到几十亿条核酸分子进行序列测定,别名大规模并行测序或下一代测序,能支撑基因组层面的分析。
人类基因组计划为什么被视为行业拐点?
它以改进的桑格法为基础,总费用30亿美元,首次完成了人类基因组序列图的绘制,98%的序列获得测定,精确度99.99%。这一工程既验证了全基因组鸟枪法的可行性,也成为后续成本快速下降的起点。
“超摩尔定律”在基因测序中指什么?
指高通量测序技术诞生后,基因测序通量及成本以快于摩尔定律的速度发展。根据美国国家卫生院数据,人类全基因组测序成本从2001年的9526.3万美元,降至2022年的100美元;华大智造DNBSEQ-T20×2单例成本低于100美元,每年可完成高达5万例人全基因组测序。