纳米孔测序可直接对各类形式的 RNA 进行测序,无需逆转录为 DNA 再扩增,从而避免这一过程产生的偏向性及可能引入的突变;配合实时测序与便携设备(如 MinION 可在极地、海洋甚至太空等复杂环境下完成实时测序),其下游应用正从基础科研向临床诊断与现场检测延伸。在需求结构上,复杂单基因病的分子诊断、病毒研究与疫情应急是资料明确提及的主要方向。
RNA 直接测序的技术基础
单分子测序技术又称纳米孔测序技术,纳米孔只允许一条链进入。以 Nanopore 技术为例,将蛋白纳米孔置于人造膜上并对膜两侧施加电压差,当 motor 蛋白牵引 DNA 或 RNA 通过纳米孔时,不同碱基会导致不同的电流变化,通过记录电流变化并用模式识别算法即可确定碱基序列。
这一原理带来两点与应用场景直接相关的特点:
- 无需 PCR 扩增或逆转录,可直接对 DNA 或 RNA 测序,可边测序边输出结果,实现对测序数据的实时分析;
- 设备简单便携,目前使用最成熟的 MinION 测序仪可在极地、海洋甚至太空等各种复杂环境下完成实时测序,可保证对突发疫情处理的时效性。
下游应用场景与需求结构
复杂单基因病的分子诊断:据官网信息,截至2022年底,贝瑞基因累计服务三代测序检测样本量突破10万人份,服务终端客户超过1500家;检验医学国际期刊 CLINICAL CHEMISTRY 专门发表编辑部文章,认为三代测序技术为复杂单基因病的分子诊断带来了全新机遇,拥有巨大价值及广阔前景。
病毒研究与疫情应急:纳米孔测序可直接对各类形式的 RNA 进行测序,能避免目前对 RNA 病毒进行测序和研究时必须将 RNA 逆转录为 DNA 扩增所产生的偏向性及可能引入的突变;便携设备在复杂环境下的实时测序能力,则对应突发疫情处理的时效性需求。
基础科研:2022年4月,端粒到端粒联盟(T2T)利用长读长技术完成了首个真正完整的人类基因组序列;2023年初,Nature Methods 将长读长测序评选为“2022年度最佳技术”。
| 应用方向 | 资料中对应的能力或事件 |
|---|---|
| 复杂单基因病分子诊断 | 三代测序检测样本量累计突破10万人份(截至2022年底) |
| RNA 病毒研究与疫情应急 | 直接测 RNA,免逆转录偏向性;MinION 支持复杂环境实时测序 |
| 基础科研 | T2T 完成首个真正完整人类基因组序列;长读长获评年度最佳技术 |
常见问题
RNA 直接测序能避免什么问题?
纳米孔测序可直接对各类形式的 RNA 测序,能避免对 RNA 病毒测序和研究时必须将 RNA 逆转录为 DNA 扩增所产生的偏向性及可能引入的突变。这使 RNA 层面的信息更接近样本原始状态。
为什么现场检测是重要延伸方向?
纳米孔测序设备简单便携,使用最成熟的 MinION 测序仪可在极地、海洋甚至太空等复杂环境下完成实时测序,可保证对突发疫情处理的时效性。实时输出结果的能力,使检测不必完全依赖中心实验室。
目前哪些需求方向已被明确提及?
资料明确提及的方向包括复杂单基因病的分子诊断、RNA 病毒研究与疫情应急,以及基础科研。临床商业转化的整体成熟度仍在演进中,具体落地节奏需以公开研究与实际检测数据为准。