基因测序作为把目标 DNA 片段 ATCG 排列顺序读出来的基础技术，其下游应用已从基础生物学研究拓展到医学诊断、法医生物学、系统生物学、微生物学等多个领域。在这一应用版图中，第一代测序技术的需求结构以临床刚需为核心：它基本适用于所有突变类型，准确率几乎 100%，在单基因病的基因诊断和产前诊断中仍被广泛使用；法医鉴定等场景同样构成其重要应用方向。 与之相对，通量小、成本高、自动化程度低的特点，使第一代测序难以承担大规模测序任务，这部分需求主要由高通量测序承接。
第一代测序技术的能力边界
第一代 DNA 测序技术源于链终止法与化学法（链降解）。它的优点集中在准确性、读长与适用面上：可用于未知或已知突变的检测，更容易实行；假条带出现减少，结果更加清楚；读取长度较长；掺入同位素标记的三磷酸后，末端终止法可测更小序列的核苷酸链；基本适用于所有突变类型，准确率几乎 100%。其主要特点是测序读长可达 1000bp，准确性高达 99.999%。
这些能力决定了它在临床诊断中的位置——当结果需要作为诊断依据时，准确性优先于通量。
需求结构：临床刚需为主，法医等场景并行
第一代测序的下游需求并非均匀分布，而是呈现明显的结构性倾斜：
| 需求方向 | 第一代测序的角色 |
|---|---|
| 单基因病的基因诊断 | 仍广泛使用，属核心刚需场景 |
| 产前诊断 | 仍广泛使用，属核心刚需场景 |
| 法医生物学 | 典型应用场景之一 |
| 基础生物学研究、系统生物学、微生物学 | 作为重要基础技术参与 |
| 大规模、基因组层面测序 | 受通量小、成本高限制，不适用 |
换言之，第一代测序占据的是"精度敏感、规模有限"的生态位，而高通量测序（又称大规模并行测序、下一代测序）可一次对几百万到几十亿条核酸分子进行序列测定，承接的是通量与成本敏感的需求。
结构性位置的成因
第一代测序的缺点同样突出：离不开 PCR 扩增，且只能分析单个 DNA 片段，通量小，不能进行基因组层面的分析；自动化程度低，检测速度慢，对某些需要快速检测的疾病不适合；成本高，不适用于大规模测序。正是这些限制，把它从"全基因组测序"的主战场推向"单基因、单片段、高精度确认"的细分场景。下游应用越拓展，第一代测序越倾向于守在临床诊断与法医鉴定这类对准确性要求最高的环节。
常见问题
第一代测序技术为什么在临床诊断中仍被广泛使用？
因为它基本适用于所有突变类型，准确率几乎 100%，在单基因病的基因诊断和产前诊断中仍广泛使用。对诊断结论而言，准确性是首要考量，这正好契合第一代测序的能力强项。
第一代测序能用于大规模基因组测序吗？
不适合。它离不开 PCR 扩增，只能分析单个 DNA 片段，通量小，不能进行基因组层面的分析，且成本高、自动化程度低、检测速度慢。大规模测序需求由高通量测序技术承接。
第一代测序在临床之外还有哪些下游应用？
它作为最重要的基础技术之一，参与基础生物学研究、医学诊断、法医生物学、系统生物学、微生物学等不断拓展的应用领域。法医生物学是其中较具代表性的场景。