三代基因测序（单分子测序）在文库制备环节无需PCR扩增或逆转录，可直接对DNA或RNA测序，这使其成本重心从二代的扩增试剂与短片段文库构建，转向设备投入与数据处理；盈利模式目前仍以科研服务和临床检测为主。与二代测序相比，三代并非简单的“代际升级”——行业普遍共识是单分子测序即第三代测序，二者在短读长与长读长上各有适用场景。

成本结构：省去扩增环节，重心转向设备与算力

二代测序需将DNA扩增后切成不超过200BP的片段读取，再用算法还原，文库构建复杂繁琐；三代测序无需扩增，从头读到尾，文库制备过程简单，无需对样品核酸进行PCR扩增或逆转录，可直接测DNA或RNA。这一差异减少了扩增试剂与部分建库耗材的消耗。

但三代成本重心发生转移：一方面，纳米孔测序依赖蛋白纳米孔、人造膜、motor蛋白等核心部件，设备与芯片投入构成重要成本项；另一方面，三代目前准确率仍只能做到95%，数据后续的校正与算法处理也带来算力成本。设备端，MinION测序仪可在极地、海洋甚至太空等复杂环境下完成实时测序，便携性使其在特定场景具备部署优势。

盈利模式：科研服务与临床转化并进

三代测序盈利仍以科研服务与临床检测为主。科研端，长读长测序被Nature Methods评为“2022年度最佳技术”，在基础科学研究中用于重复序列等二代难以精准测出的区域。

临床转化正在突破：贝瑞基因截至2022年底累计服务三代测序检测样本量突破10万人份，服务终端客户超过1500家；检验医学期刊CLINICAL CHEMISTRY曾发表编辑部文章，认为三代测序技术为复杂单基因病的分子诊断带来全新机遇。制造端，illumina、华大智造、Element Biosciences、Ultima Genomics等均布局长读长领域，齐碳生物完成7亿元C轮融资。

常见问题

三代测序为什么可以不用PCR扩增就直接测RNA？

单分子测序基于单分子的电信号或化学反应信号检测，对每一条DNA分子单独测序，无需扩增。纳米孔测序可直接对各类形式的RNA测序，避免将RNA逆转录为DNA扩增所产生的偏向性及可能引入的突变。

三代测序的成本一定比二代低吗？

不一定。三代省去了扩增试剂与部分建库耗材，但设备投入与因准确率瓶颈带来的数据校正算力成本较高，整体成本结构因应用场景而异，需结合具体项目评估。

三代测序目前的准确率如何？

目前准确率仍只能做到95%，这是制约其在部分临床场景大规模替代二代的主要因素之一。