长读长基因测序（即三代测序）无需PCR扩增，省去了文库构建中扩增环节的耗材与时间成本，但其成本结构重心转向高价值测序芯片、文库制备试剂以及设备折旧与维护。其盈利密码不在于单次运行的低价，而在于通过提升单次通量与读长，摊薄单碱基测序成本，最终依赖规模效应实现盈利。
成本结构：省了扩增，贵在芯片与设备
与需要将DNA扩增后切成不超过200BP片段读取的短读长测序（二代测序）不同，长读长测序无需PCR扩增，可直接对DNA或RNA进行测序。这省去了一部分扩增耗材成本，但成本大头转移至其他环节：
- 高价值测序芯片：无论是PacBio技术的零模波导ZMW，还是Nanopore技术的蛋白纳米孔，其核心芯片均为高精密耗材，单次运行损耗成本占比高。
- 文库制备试剂：虽然省去扩增，但长片段DNA的提取与修复等步骤对试剂质量要求更高。
- 设备折旧与维护：长读长测序设备（如掌上测序仪MinION）虽便携，但PacBio等高性能平台的设备投入与维护成本不可忽视。
盈利模式：通量提升与规模效应
长读长测序的盈利逻辑与短读长有本质差异。短读长依赖“便宜又好用”的规模化试剂消耗，而长读长则依赖单次运行产出更多有效数据。
| 维度 | 短读长（二代） | 长读长（三代） |
|---|---|---|
| 读长特点 | 不超过200BP片段 | 原则上无限制，最长可达2.4M |
| 成本重心 | 扩增试剂与耗材 | 芯片、设备折旧、文库制备 |
| 盈利杠杆 | 试剂耗材持续消耗 | 单次通量提升、读长延伸 |
随着读长从Kb级提升至2.4M级别，单次运行可覆盖更长的DNA片段，意味着单碱基测序成本随之下降。对于测序服务商而言，承接更多样本、提升设备利用率是关键；对于设备制造商而言，通过销售高毛利芯片与试剂，并推动客户升级更高通量平台，是核心盈利来源。两者共同的杠杆，都是规模效应——当测序量达到一定规模，固定成本被充分摊薄，边际成本显著降低。
常见问题
长读长测序一定比短读长测序更贵吗？
不一定。长读长测序省去了PCR扩增环节，但芯片与设备折旧成本更高。单次运行成本可能更高，但若通量充分利用，单碱基成本可随读长提升而显著下降。
长读长测序的准确率如何？
目前长读长测序的准确率仍有提升空间，官方资料显示当前准确率约为95%。但其优势在于能读取短读长难以处理的重复序列区域，因此在T2T联盟完成首个完整人类基因组序列等场景中起到不可替代的作用。
哪些企业在布局长读长测序？
除PacBio和Oxford Nanopore两大技术路线代表外，illumina宣布推出长读长产品Infinity，华大智造、Element Biosciences、Ultima Genomics也计划或已开始布局。国内方面，齐碳生物专注纳米孔长读长测序，贝瑞基因持续推动三代测序临床应用转化。