纳米孔测序常被冠以“第四代基因测序”之名，但这更多是商业包装而非行业共识。行业的普遍共识是，单分子测序技术（含纳米孔测序）就是第三代测序技术；所谓“第四代”属于人造的商业代际。在全球版图中，英国牛津纳米孔公司（ONT）以 Nanopore 技术占据引领地位，美国 Illumina 在短读长市场占据最大份额并布局长读长防御，中国则有齐碳生物等企业在纳米孔长读长赛道加速追赶。
代际话语权：商业包装与行业共识的错位
“第四代测序”的说法主要来自 ONT 的商业推广。业内观点普遍认为，这个第四代属于人造的商业代际，主要用于商业叙事，并没有实质性的代际差异。事实上，不仅第三代和第二代之间不存在其他领域通常理解的代际差异，三代测序的起步甚至更早：PacBio 的前身 2000 年在美国加州成立，ONT 于 2005 年从英国牛津大学衍生出来，而纳米孔测序的技术原型可追溯到 1996 年发表于 PNAS 的一篇文章。
全球格局：ONT 引领、Illumina 防御、中国追赶
在技术路线上，单分子测序有两条路径：PacBio 的荧光标记技术和 ONT 的 Nanopore 蛋白纳米孔技术。ONT 的 MinION 掌上测序仪可在极地、海洋甚至太空等复杂环境下完成实时测序。在产业端，Illumina 在收购 PacBio 失败后，于 2022 年初宣布推出自己的长读长产品 Infinity；华大智造、Element Biosciences、Ultima Genomics 等也计划或已经开始布局长读长测序领域。中国方面，专注于纳米孔长读长测序的初创公司齐碳生物，在 2022 年完成了当年国内生命科学领域一级市场上最大的一笔融资。
技术实力：长读长优势与准确率瓶颈
三代测序的核心优势在于长读长与实时测序：无需 PCR 扩增，可边测序边输出结果，且能直接对 RNA 测序，避免逆转录带来的偏向性。其短板同样明显——目前准确率仍只能做到 95%，这也是过去十年三代测序市占率不足 10%、应用多局限于基础科研的原因。但这一局面正在改变：2022 年，端粒到端粒联盟（T2T）利用长读长技术完成了首个真正完整的人类基因组序列；2023 年初，国际顶级期刊 Nature Methods 将长读长测序评选为“年度最佳技术”。在应用端，贝瑞基因持续发力三代测序的临床应用转化，其三代测序检测样本量已突破 10 万人份。
常见问题
纳米孔测序到底是第三代还是第四代？
行业普遍共识是第三代。单分子测序技术（包含 PacBio 和 Nanopore 两条路线）就是第三代测序技术，“第四代”的说法主要来自 ONT 的商业包装，业内认为其并无实质代际意义。
中国在纳米孔测序领域处于什么位置？
中国处于追赶者位置。以齐碳生物为代表的纳米孔测序初创公司已获得大额融资，测序应用端贝瑞基因在三代测序临床应用转化上持续发力，但全球技术引领仍以英国 ONT 和美国 Illumina 为主导。
三代测序目前最大的瓶颈是什么？
准确率。目前三代测序准确率仍只能做到 95%，这也是其过去十年市占率不到 10%、临床转化有限的主要原因。但其长读长优势在完整基因组组装等场景中已发挥不可替代的作用。