NGS 技术仍是目前基因测序大规模商业化应用的主要推动力，而第三代测序（以 PacBio 和 Oxford Nanopore 为代表）在产业链格局上与 NGS 存在显著差异：NGS 产业链以上游设备试剂供应商为核心，中游测序服务商竞争激烈，下游应用广泛；第三代测序则因无需 PCR 扩增、可测超长序列，但单条序列错误率较高且平均成本更高，导致其在上游供应商格局、数据解读环节需求以及下游应用场景上均有不同。
NGS 产业链：上游寡头，中下游竞争激烈
NGS 产业链分为上游（测序仪器和试剂耗材供应商）、中游（测序服务提供商）和下游（终端应用场景）。上游技术壁垒极高，以 Illumina 为代表的海外龙头占据主导地位——2019 年 Illumina 全球市占率达 74.1%，Thermo Fisher 为 13.6%，华大智造为 3.5%。上游设备试剂端毛利率和净利率最高，例如 Illumina 2021 财年销售毛利率达 69.69%，净利率达 16.84%。中游服务商（如华大基因、贝瑞基因）竞争激烈，下游应用覆盖医疗（科研级、临床级、消费级）及非医疗领域。
第三代测序产业链：无需 PCR 扩增，但错误率和成本更高
第三代测序以 PacBio 公司的 SMRT 技术和 Oxford Nanopore Technologies 公司的纳米孔单分子技术为代表。其最大特点是单分子测序、无需 PCR 扩增，理论上可测定无限长度的核酸序列。但目前第三代测序的单条序列错误率较高，平均成本也较 NGS 高，因此 NGS 仍是主流。在上游供应商方面，PacBio 和 Oxford Nanopore 是核心参与者，但整体市场规模远小于 NGS 上游。由于错误率较高，第三代测序对数据解读环节（生物信息分析）的需求比 NGS 更强，这影响了中游服务商的业务结构——需要投入更多资源在算法和纠错上。下游应用方面，其高成本限制了在临床大规模筛查等场景的普及，更多应用于需要超长读长的科研领域（如基因组组装、结构变异检测）。
常见问题
第三代测序能否替代 NGS？
目前不能。NGS 技术仍是基因测序大规模商业化应用的主要推动力，并在未来一段时间内仍是主流。第三代测序虽然具备超长读长、无需 PCR 扩增等优势，但单条序列错误率较高且平均成本较高，应用场景更聚焦于特定科研需求。
第三代测序产业链中，数据解读环节为什么更重要？
因为第三代测序单条序列的错误率较高，原始数据需要更复杂的算法进行纠错和组装，才能获得可靠结果。这使中游服务商对生物信息分析能力的要求远高于 NGS，也催生了专门面向第三代测序数据处理的软件和云服务市场。
PacBio 和 Oxford Nanopore 在产业链中处于什么位置？
它们属于产业链上游的仪器设备及试剂耗材供应商，与 NGS 领域的 Illumina、华大智造等角色类似。但目前两者的市场占有率远低于 NGS 上游龙头，且由于技术路线不同（单分子测序 vs. 边合成边测序），其产品在测序原理、通量和应用方向上各有侧重。