PacBio的单分子实时测序技术（SMRT）作为第三代基因测序的代表，在技术商业化与成本方面主要面临三大风险：高单碱基测序成本、通量受限导致的商业化进度缓慢，以及来自短读长测序（如Illumina）和便携式测序（如Oxford Nanopore）的竞争压力。这些因素使得PacBio自2000年成立以来，在市场中长期处于份额较低（市占率不到10%）的地位，应用多局限于基础科研，临床商业转化进展有限。
成本与通量挑战
PacBio技术的核心单元是零模波导（ZMW），其芯片的良率与产量直接限制了测序通量的提升。虽然PacBio在2022年推出了公司史上最高通量的Revio长读长测序系统，但整体上，其测序成本仍显著高于以Illumina为代表的二代测序。在准确率方面，目前PacBio的准确率仅能做到95%，这一误差率（容易“唱错”碱基）也增加了后续数据校正的成本。
商业化进程与竞争格局
PacBio的首款商业化机型PacBio RS于2010年才推向市场，而此时Illumina已凭借其出色的测序系统性能占据了最大市场份额。在长读长测序领域，PacBio还面临来自Oxford Nanopore Technologies（ONT）的追赶——ONT的纳米孔测序设备（如MinION）体积小巧、可实时测序，在便携性上具有独特优势。此外，2022年Illumina宣布推出自己的长读长产品Infinity，而华大智造、Element Biosciences等公司也计划或已开始布局长读长领域，进一步加剧了竞争。
常见问题
PacBio技术与二代测序（NGS）的主要区别是什么？
二代测序（短读长）需要将DNA扩增后切成不超过200bp的片段读取，再用算法还原；而PacBio的三代测序（长读长）无需扩增，可从头到尾直接读取单条DNA分子，能精准检测重复序列，但准确率目前仅95%，成本也更高。
为什么PacBio在临床商业化上进展缓慢？
主要受限于高成本、低通量和准确率问题。在过去十年中，三代测序被二代测序“打的满地找牙”，市占率不到10%，应用多局限于基础科研。不过，随着2022年首个完整人类基因组序列的完成和2023年长读长测序被评选为年度最佳技术，其临床转化正在迎来新突破。
Oxford Nanopore技术与PacBio有何不同？
两者都属于单分子测序技术，但原理不同：PacBio基于荧光信号检测，而Nanopore基于电流阻断信号识别碱基。Nanopore设备更便携（如MinION），可在极地、太空等复杂环境实时测序，而PacBio在长读长和通量方面持续迭代。两者均面临来自短读长测序的商业化竞争。