桥式PCR的错误累积会迫使测序企业采用双接头方案来弥补标签跳跃问题，这直接推高了试剂和文库制备成本，从而压缩了基因测序服务的盈利空间。
双接头方案的成本压力
在Illumina的桥式PCR扩增与边合成边测序技术路线中，PCR扩增技术会导致错误累积，并且其搭配的生化技术会产生标签跳跃（Index Hopping）。为了弥补这一缺陷，测序服务商需要使用双接头（dual-indexing）方案。相比单接头方案，双接头增加了引物、酶以及额外的纯化步骤，直接导致单次测序的试剂和文库制备成本上升。对于中游测序服务提供商而言，这些成本增量会直接侵蚀其利润，使得在竞争激烈的中游市场中盈利更加困难。
对盈利模式的影响
基因测序产业链中，上游设备与试剂供应商（如Illumina）凭借技术壁垒享有最高的毛利率和净利率。以Illumina为例，其2021财年销售毛利率为69.69%，销售净利率为16.84%。而中游的测序服务商竞争激烈，议价能力相对较弱。双接头方案带来的额外成本，对于利润率本就偏低的中游企业来说，意味着需要更高的测序通量或更精细的成本控制才能维持盈利，否则单次测序的净利润空间将被显著压缩。
常见问题
### 双接头方案能完全消除标签跳跃吗？
双接头方案能显著降低标签跳跃的发生频率，但并不能完全消除。它通过为每个样本分配两个不同的标签（而非一个），大幅降低了错误标记的概率，是目前行业内的主流应对方案，但其成本代价也是客观存在的。
### 除了双接头，还有其他降低标签跳跃成本的方法吗？
从技术路线看，不同平台对标签跳跃的敏感度不同。例如，华大智造的DNA纳米球与联合探针锚定聚合技术路线，其技术特点包括产出数据重复序列率低，能有效减少数据浪费，但官方资料未提及该路线是否涉及类似的双接头成本问题。选择不同的技术平台，其成本结构也会有所差异。