在肿瘤液体活检、早期癌症筛查及微量病原体检测等对错误率高度敏感的下游应用中，桥式PCR扩增过程中的错误累积会直接干扰基因测序结果的解读，尤其限制了低频突变（如ctDNA中含量极低的肿瘤标志物）的可靠检出，成为限制基因测序技术在这些高精度场景中广泛应用的关键技术瓶颈。
桥式PCR错误累积的核心问题
桥式PCR扩增是Illumina测序平台的核心技术路线。该技术虽然检测准确性高、通量覆盖广，但其PCR扩增技术会导致错误累积，在扩增过程中可能错配碱基。对于液体活检中常出现的等位基因频率低于1%的低频突变，这些扩增错误会与真实突变信号混杂，使得下游生物信息分析难以准确区分真正的低频突变与背景噪音，从而影响诊断结论的可靠性。
标签跳跃带来的交叉污染风险
在多重PCR建库过程中，桥式PCR搭配的生化技术会产生标签跳跃（Index Hopping），即不同样本的标签序列在测序过程中发生错误交换，造成样本间的交叉污染。官方资料指出，虽然可以使用双接头方案来弥补标签跳跃问题，但该方案只能降低而无法完全消除残留错误。在液体活检等需要极高灵敏度的场景中，即使微量的交叉污染也可能导致假阳性结果，干扰对真实低频突变的判断。
常见问题
桥式PCR错误累积主要影响哪些下游应用？
主要影响对错误率高度敏感的下游应用，包括肿瘤液体活检（检测ctDNA中的低频突变）、早期癌症筛查、微量病原体检测以及无创产前检测等。这些场景要求测序技术具备极高的信噪比，桥式PCR的扩增错误会直接限制检测的灵敏度和特异性。
标签跳跃问题如何影响液体活检结果？
标签跳跃会造成不同样本间的DNA序列交叉污染，在液体活检中可能导致样本的突变信号被错误归因或稀释。例如，一个健康样本可能因标签跳跃而“获得”来自肿瘤样本的突变信号，产生假阳性结果；反之，肿瘤样本中的真实低频突变也可能被污染信号掩盖，造成假阴性。
不同测序技术路线如何应对PCR错误问题？
不同技术路线对PCR错误的处理方式不同。Illumina的桥式PCR路线通过双接头方案弥补标签跳跃问题；Thermo Fisher的乳液PCR路线同样面临PCR错误累积，且对连续相同碱基的识别错误率高；而华大智造的DNA纳米球与联合探针锚定聚合技术路线采用滚环扩增进行无损复制，能有效减少数据浪费，但相比其他产品增加了一个环化步骤。