2022年，端粒到端粒联盟（T2T）利用长读长三代测序技术补齐了人类基因组序列最后8%，完成了首个真正完整的人类基因组序列。但T2T联盟主要依赖海外企业的PacBio和ONT设备。在国产基因测序的自主可控进程中，二代测序领域华大智造DNBSEQ平台已实现自主，而三代长读长测序在设备、试剂和数据分析环节仍有差距，正加速追赶。
设备端：二代已自主，三代仍在追赶
三代测序（单分子测序）有两条技术路线：PacBio的荧光信号技术和ONT的纳米孔电流阻断技术。在二代测序（短读长）领域，华大智造已实现自主；但在三代长读长领域，国产自主设备仍处于商业化早期。例如，专注于纳米孔测序的齐碳生物在2022年完成了7亿元C轮融资，是国内该领域一笔较大融资，但商业化进度与海外成熟产品相比仍有差距。
试剂端：国产三代测序酶研发持续推进
三代测序的核心试剂——测序酶（如motor蛋白）是纳米孔技术的关键。国产企业正在加速自主替代研发，但官方资料中未公布具体性能参数对比。目前，海外ONT的蛋白纳米孔技术仍占据主导，国产替代尚需突破专利壁垒和酶活性的稳定性问题。
数据分析端：国产组装算法与参考基因组构建
三代测序的长读长数据需要专门的组装算法（如Hifiasm）进行基因组拼接。国内科研团队已在算法适配和参考基因组构建上取得进展，但T2T联盟的完整基因组构建仍主要依赖海外工具链。国产算法在重复序列处理和大规模基因组组装效率上，仍需后续第三方测试验证。
常见问题
三代测序相比二代测序的核心优势是什么？
三代测序（长读长）无需PCR扩增，可直接从头到尾读取长片段DNA，最长读长可达2.4M，能精准检测基因组中的重复序列，这正是二代短读长（不超过200BP片段）的短板。
国产三代测序设备目前有哪些代表性企业？
齐碳生物是国产纳米孔测序领域的代表，2022年完成7亿元C轮融资。此外，华大智造、真迈生物等也在布局长读长技术，但商业化进度和性能参数官方尚未完全公布。
国产基因测序自主可控的主要挑战有哪些？
核心挑战包括：长读长测序芯片和流体系统等核心零部件自主化率较低；海外企业的专利壁垒（如ONT的蛋白纳米孔专利）；以及国产测序酶的稳定性和准确性仍需提升。