三代基因测序（长读长测序）的准确率虽仅约95%，但凭借其不可替代的长读长优势（如直接检测重复序列、无需PCR扩增），被国际顶级期刊 Nature Methods 评选为“2022年度最佳技术”。当前行业竞争格局正从二代测序（短读长）主导转向三代测序加速渗透，主要参与者包括 PacBio、Oxford Nanopore（ONT）以及华大智造、齐碳生物等，技术路线分化明显，商业化进展各有侧重。
技术路线与核心参与者
三代测序（单分子测序）主要分为两条技术路径：
- PacBio 技术：利用荧光标记碱基与零模波导（ZMW）检测荧光信号，实现单分子实时测序。
- Nanopore 技术（ONT）：通过蛋白纳米孔检测电流变化识别碱基序列，设备便携（如MinION），可直接对RNA测序。
行业普遍共识，单分子测序即第三代测序，ONT的Nanopore技术虽常被商业包装为“第四代”，但本质仍属三代范畴。此外，illumina在2022年初宣布推出合成长读长产品Infinity，华大智造、Element Biosciences等也布局长读长领域。
竞争格局演变趋势
过去十年，三代测序市占率不足10%，应用多限于基础科研。但2022年起关键突破加速格局变化：
- 科学里程碑：2022年4月，端粒到端粒联盟（T2T）利用长读长技术完成首个真正完整的人类基因组序列，补齐了二代测序无法覆盖的8%区域。
- 产业端动态：PacBio于2022年10月推出高吞吐量Revio系统；ONT持续迭代便携设备；国内齐碳生物（纳米孔测序）在2022年完成7亿元C轮融资，贝瑞基因累计服务三代测序检测样本量突破10万人份。
常见问题
三代测序准确率仅95%，为何仍被选为“年度最佳技术”？
因为其长读长能力能解决二代测序（短读长）在重复序列、结构变异检测上的根本缺陷，且无需PCR扩增，可直接对RNA测序，在完整基因组组装、复杂疾病诊断中不可替代。
三代测序与二代测序的主要区别是什么？
二代测序（短读长）需将DNA扩增后切成不超过200BP的片段读取再算法还原；三代测序（长读长）无需扩增，从头读到尾，但当前单碱基准确率约95%，低于二代的99%以上。
当前三代测序领域有哪些代表性公司？
PacBio（荧光信号路线）、Oxford Nanopore（电流变化路线）、华大智造、齐碳生物（国内纳米孔路线），以及illumina（合成长读长产品Infinity）。贝瑞基因在临床应用端已积累超10万人份样本检测经验。