当净现值（NPV）与内含报酬率（IRR）在互斥项目（只能选一个）上出现冲突时，应以净现值（NPV）为准。因为NPV直接衡量投资项目为股东创造的价值增量（以绝对金额表示），而IRR仅反映相对收益率，在项目规模、现金流时间分布不同时可能给出误导信号。选择NPV最大的项目，能最大化公司整体价值。
冲突的典型原因
净现值和内含报酬率的冲突，主要发生在以下两种情形：
- 项目规模差异：一个项目投入大、NPV高但IRR较低；另一个项目投入小、NPV低但IRR较高。例如，大型基建项目NPV可能达1亿元，IRR为12%；而小型科技项目NPV仅1000万元，IRR却高达25%。按NPV应选大型项目，按IRR则选小型项目。
- 现金流时间分布差异：一个项目前期现金流多（如快速回本的设备升级），另一个项目后期现金流多（如长期研发）。IRR默认假设中间现金流可以按IRR本身再投资，这通常不现实；NPV则使用资本成本（更保守且合理）进行再投资假设，因此更可靠。
净现值为何更可靠
NPV的优势在于直接对应股东财富。计算时使用资本成本（即投资者要求的回报率）折现所有未来现金流，结果就是项目能增加或减少的当前市值。只要NPV为正，就说明项目回报超过资本成本，股东价值增加。IRR则是一个百分比，无法体现项目绝对规模对价值的影响——一个IRR高但规模极小的项目，可能带来的价值增量远不如一个IRR稍低但规模大得多的项目。
在互斥项目决策中，优先选择NPV最大（且为正）的项目，这是财务理论中公认的最优原则。多数教材和实务中，当两者冲突时，NPV被视作“黄金标准”。
决策时还需检查的前提
虽然NPV通常是最终答案，但实际操作中需注意：
- 资本成本是否准确：NPV的可靠性依赖于折现率（资本成本）的合理估计。如果资本成本估算偏差大（例如未考虑项目特有风险），NPV排序可能失真。
- 项目是否真正互斥：如果项目可重复投资或组合实施，冲突可能消失。例如，小项目完成后可再投另一个类似项目，此时IRR可能更直观。
- 资本约束情况：若公司资金有限，无法同时实施所有正NPV项目，则需结合盈利能力指数（PI）或IRR排序，但仍以NPV为正为首要前提。
核心结论：在互斥项目冲突中，始终以净现值（NPV）为准，因为它直接反映股东价值增量。 IRR可作为辅助参考，但不应用于最终决策。
常见问题
为什么IRR有时会给出多个数值？
当项目现金流符号多次变化（例如先投入、后收益、再追加投入），IRR方程可能解出多个值。此时IRR失去唯一解释意义，应直接使用NPV判断。
如果两个项目的NPV都为正但非常接近，该怎么选？
此时可参考IRR或回收期等辅助指标，但需确认NPV计算中使用的资本成本是否已充分反映风险差异。如果仍难区分，优先选择IRR更高、现金流回收更快的项目，以降低不确定性。
非互斥项目（可同时投多个）时，还用NPV吗？
对于独立项目（可同时投资多个），只要NPV为正即可接受，无需比较排序。此时IRR可作为效率参考，但NPV仍是最终采纳与否的标准。